內(nèi)生菌是生活于健康維管束植物、藻類、地衣和苔蘚植物的活組織內(nèi)部，不引起宿主生物明顯不利癥狀的細(xì)菌和真菌。其中，內(nèi)生真菌的研究較多。內(nèi)生真菌是真菌生物多樣性的重要組成部分，發(fā)揮著多種不同的生態(tài)作用。很多內(nèi)生真菌可以產(chǎn)生多種生物活性物質(zhì)，具有抗菌、抗癌、抗氧化、抗病毒、免疫調(diào)節(jié)和殺蟲等功效，廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)等行業(yè)。蕈菌具有肉眼可見的大型子實(shí)體，可以支持種類豐富的其他微生物的生存。然而，與植物內(nèi)生真菌相比，蕈菌內(nèi)生真菌報(bào)道較少。1955年，Watson首次采用組織分離的方法，從健康的乳菇（Lactarius spp.）和綠菇（Russula spp.）子實(shí)體分離出內(nèi)生真菌Calcarisporium arbuscula。

　　羊肚菌是世界范圍分布的一類屬于子囊菌門的珍稀大型真菌，營(yíng)養(yǎng)豐富，口味獨(dú)特，并具有抗疲勞、抗腫瘤、調(diào)節(jié)機(jī)體免疫力等功效。這么一種有價(jià)值的“食材”，不但人類喜愛，其他微生物也伺機(jī)而發(fā)，時(shí)刻準(zhǔn)備著分一杯羹。事實(shí)也證明，羊肚菌子囊果上隱匿著大量的內(nèi)生真菌，這些內(nèi)生真菌通常并不引起羊肚菌的病害，但不保在環(huán)境適宜的時(shí)候，它們揭竿而起，侵占這個(gè)營(yíng)養(yǎng)豐富的“溫床”。

　　我們?cè)趯?duì)四川、河南、湖北等地的粗柄羊肚菌的（其他羊肚菌同樣還有不同類型的內(nèi)生真菌）內(nèi)生真菌分析中發(fā)現(xiàn)，大部分的內(nèi)生真菌為子囊菌或其無性性，一株為接合菌（高山被孢霉），而羊肚菌同樣也是子囊菌，這可能就增加了它們發(fā)病的時(shí)候藥物的防治效果。目前還未有關(guān)于羊肚菌真菌病害的報(bào)道，是否這些內(nèi)生真菌會(huì)篡位至病原菌還不得而知。

　　雖然羊肚菌是美味的食用菌，深受各國(guó)人民喜愛，但據(jù)報(bào)道，生食或烹飪不良時(shí)食用，是有可能會(huì)引起胃腸型和神經(jīng)型食物中毒。我們有理由懷疑，引起食物中毒的很可能是一些耐熱毒素，這可能與羊肚菌子實(shí)體的不良儲(chǔ)存有關(guān)。羊肚菌子實(shí)體不良儲(chǔ)存會(huì)使一些有害內(nèi)生真菌進(jìn)一步增殖，可能會(huì)增加食物中毒的幾率。如羊肚菌內(nèi)生真菌中的腐皮鐮刀菌（Fusarium solani）的一些菌株是人類真菌病的病原因子；球毛殼菌是引起大腦暗色絲孢霉病、肺炎、指甲和皮膚感染的病原體；鏈格孢（Alternaria spp.）能產(chǎn)生幾種對(duì)人和動(dòng)物有害的毒素，與一些血液病和食道癌癥等多種疾病相關(guān)。黑附球菌已知能引起過敏性肺炎和真菌過敏性鼻竇炎。羊肚菌有害內(nèi)生真菌與食物中毒之間的關(guān)系，也是有必要進(jìn)行深入研究課題。目前能做到的是，羊肚菌儲(chǔ)存過程中一定要注意防止潮度過大，引起內(nèi)生真菌增值或其他雜菌侵襲，造成商品形狀下降。