【作者】張琦 焦翔 劉香健 張?jiān)?張素芳 趙宗保

【機(jī)構(gòu)】中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所中國科學(xué)院大學(xué)

摘要：運(yùn)用CodonW等軟件,分析了圓紅冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因組中191個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因的密碼子使用模式,包括密碼子3個(gè)位置上的GC含量、有效密碼子數(shù)和密碼子使用頻率。圓紅冬孢酵母有效密碼子數(shù)ENc值為38.9,密碼子GC含量為63%,密碼子第三位GC含量為78.3%,且偏好使用G或C結(jié)尾的密碼子,確定了圓紅冬孢酵母R. toruloides的21個(gè)高表達(dá)優(yōu)越密碼子。研究發(fā)現(xiàn),圓紅冬孢酵母與畢赤酵母、釀酒酵母、大腸桿菌和擬南芥在密碼子使用頻率上有較大差異,而與解脂耶氏酵母和果蠅差異相對較小。研究結(jié)果對提高外源基因在圓紅冬孢酵母中表達(dá)效率及相關(guān)代謝工程和合成生物學(xué)研究有一定意義。 

 

基金：國家自然科學(xué)基金(31370128； 51761115014)~~；

 

關(guān)鍵詞：密碼子偏好性; 高表達(dá)優(yōu)越密碼子; 密碼子使用頻率; 相對同義密碼子使用度; 有效密碼子數(shù);