吳清平院士（左二）團(tuán)隊(duì)與白肉靈芝推廣人員交流。吳清平團(tuán)隊(duì) 供圖

近日，中國工程院院士、廣東省科學(xué)院微生物研究所名譽(yù)所長吳清平團(tuán)隊(duì)完成了第一個白肉靈芝全基因組測序。據(jù)悉，這是世界上首次對白肉靈芝的基因組進(jìn)行組裝和注釋。相關(guān)研究發(fā)表于《G3：基因，基因組，遺傳學(xué)》（G3-Genes Genomes Genetics）。

白肉靈芝作為我國具有鮮明地域特色的野生資源，首次被廣東省微生物研究所科研人員采集并進(jìn)行命名，目前已成為科技扶貧的典型案例和帶動一方經(jīng)濟(jì)發(fā)展的重要資源，在中國西南地區(qū)廣泛種植。白肉靈芝是在中國發(fā)現(xiàn)的靈芝科一新種，具有多種藥理活性。但由于缺乏參考基因組而阻礙了系統(tǒng)的遺傳研究。

研究人員從一個單核菌株（DH-8）中提取了高質(zhì)量的DNA，并基于Illumina和Nanopore平臺組裝完成第一個白肉靈芝全基因組。組裝的基因組大小為50.05Mb，N50為3.06Mb，預(yù)測到78206條編碼序列和13390個基因。使用Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（BUSCO）工具評估基因組完整性，該工具鑒定了280個真菌BUSCO基因中的96.55%。

此外，分析了白肉靈芝和靈芝之間次級代謝產(chǎn)物（萜類化合物）的功能基因的差異。研究發(fā)現(xiàn)，與靈芝相比，白肉靈芝具有更多與萜類化合物合成相關(guān)的基因，這可能是它們表現(xiàn)出不同生物活性的原因之一。

據(jù)吳清平團(tuán)隊(duì)成員、正高級工程師胡惠萍介紹，白肉靈芝基因組是目前組裝質(zhì)量最好的靈芝屬物種，該成果對豐富白肉靈芝生物和遺傳研究的基礎(chǔ)具有引導(dǎo)作用，為今后特定物種的高原適應(yīng)性深層研究奠定基礎(chǔ)。

相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab337