【作者】徐偉南 黃蓉梅 劉媛媛 仝宗軍 韓星 謝路昱 謝寶貴

【機(jī)構(gòu)】福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院福建農(nóng)林大學(xué)菌物研究中心新加坡國立大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院

摘要：采用二代和三代測序技術(shù)分別對金針菇單核體菌株"6-3"進(jìn)行測序,應(yīng)用4種組裝策略進(jìn)行基因組的denovo組裝,對比組裝效果。基因組組裝的參數(shù)方面,僅使用二代測序組裝的效果最差,長度大于10kb的Contig全長只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,組裝率只有59.27%。采用三代組裝二代校正的組裝策略效果最好,長度大于10kb的Contig全長為38.3Mb,Contig N50為2.8Mb,組裝率高達(dá)92.16%。保守單拷貝基因拼接效果方面,4種組裝策略獲得基因組序列與BUSCO數(shù)據(jù)庫里的擔(dān)子菌的保守單拷貝基因比對,基因完整性均大于94%。在組裝準(zhǔn)確性方面,經(jīng)過PCR擴(kuò)增、Sanger測序驗(yàn)證,三代組裝二代校正的基因組序列完整并且連續(xù),同時序列上堿基的SNP、InDel數(shù)量最少。綜上所述,三代組裝二代校正得到的基因組序列具有Contig N50值大、組裝率高、堿基準(zhǔn)確性高的特點(diǎn),是食用菌基因組測序較為理想的方案。 

 

基金：國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(2014CB138302)； 福建省木生型食用菌品種選育與產(chǎn)業(yè)化工程項(xiàng)目(fjzycxny2017010)~~；

 

關(guān)鍵詞：de novo組裝; 組裝策略; 二代測序; 三代測序; 金針菇;