在黑木耳生產(chǎn)過(guò)程中常常有雜菌和病蟲(chóng)害發(fā)生影響生產(chǎn)和黑木耳質(zhì)量，特別是在高溫和適宜溫度季節(jié)，病蟲(chóng)害的發(fā)生及危害是黑木耳栽培中的大敵，因而，防治病蟲(chóng)害工作十分重要，應(yīng)予重視并作好防治的工作。
　　(一)常見(jiàn)雜菌及防治措施
　　黑木耳的病害主要表現(xiàn)為雜菌的侵染，常見(jiàn)雜菌有：
　　1．木霉：木霉污染，初期菌絲為白色，后逐漸產(chǎn)生綠色孢子而變成淺綠色，進(jìn)而成為深綠色。木霉主要發(fā)生在菌種瓶（袋）未萌發(fā)的料內(nèi)和沒(méi)有徹底清除的耳基上，若不及時(shí)處理，擴(kuò)大蔓延很快，病區(qū)木耳菌絲不能生長(zhǎng)或生長(zhǎng)不良。
　　防治措施：培養(yǎng)基滅菌要徹底，菌袋出耳期間發(fā)生木霉，可先將菌袋置于陽(yáng)光下晾曬1~2天，再用0.2%或0.1%高錳酸鉀或0.2%多菌靈溶液噴灑消毒。
　　2．毛霉生根霉：初期為淺白色在25~35℃條件下，其菌絲及假根長(zhǎng)入培養(yǎng)基后向上伸出較長(zhǎng)的孢子柄，頂端為黑色孢子襄。其危害是隔絕氧氣，爭(zhēng)奪養(yǎng)分和水，分泌毒素，影響黑木耳菌絲的生長(zhǎng)。
　　防治措施：參照木霉防治措施。
　　3．鏈孢霉：初期菌絲淺白色，菌絲生長(zhǎng)速度極快，前期易在袋內(nèi)產(chǎn)生淺黃色積水，并在袋口或塑料袋破裂處形成白色塊狀原基，成熟后變?yōu)榻奂t色粉狀孢子。鏈孢霉主要危害是與黑木耳菌絲爭(zhēng)奪營(yíng)養(yǎng)。多在生產(chǎn)木耳菌袋時(shí)發(fā)生，對(duì)菌袋生產(chǎn)威脅很大。
　　防治措施：黑木耳菌袋生產(chǎn)，盡可避開(kāi)高溫季節(jié)，在接種方法上宜采用套袋法，避免菌袋間互相污染。發(fā)現(xiàn)鏈孢霉應(yīng)及時(shí)撿出。并在其場(chǎng)地噴打0.2%多菌靈或漂白粉溶液。
　　(二)常見(jiàn)蟲(chóng)害及防治措施
　　代料栽培黑木耳害蟲(chóng)的危害較少，在菌種生產(chǎn)和栽培室常見(jiàn)到的害蟲(chóng)有：
　　1．線蟲(chóng) 線蟲(chóng)是一種無(wú)色的小蠕蟲(chóng)，體形很小，僅1毫米左右，需在顯微鏡下觀察。線蟲(chóng)危害木耳菌絲，使培養(yǎng)料產(chǎn)生一種暗色潮濕沒(méi)有木耳菌絲的病區(qū)，常產(chǎn)生刺激性的氣味。用甲基臭熏蒸可以殺死線蟲(chóng)，濃度為每小時(shí)600毫克/升。
　　2．跳蟲(chóng) 跳蟲(chóng)是一種彈尾目的昆蟲(chóng)，看起來(lái)好象煙灰一樣，又叫煙灰蟲(chóng)。危害食用菌的主要是紫跳蟲(chóng)，跳蟲(chóng)體長(zhǎng)2—3毫米，全身紫黑色。主要危害子實(shí)體。如栽培養(yǎng)室發(fā)生跳蟲(chóng)，可噴0.1%的魚(yú)藤精或除蟲(chóng)菊脂（1:500~2000）。
　　(三)常見(jiàn)“病”害及防治措施
　　黑木耳的“流耳”（又名“醣性耳”或“水爛耳”）是細(xì)胞充水破裂的一種生理障礙現(xiàn)象。黑木耳在接近成熟時(shí)期，不斷地產(chǎn)生擔(dān)孢子，消耗子實(shí)體里面的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，使子實(shí)體趨于衰老，此時(shí)遇到過(guò)大的濕度極容易潰爛。在溫度較高，特別是濕度較大，而光照和通氣條件又比較差的環(huán)境中，子實(shí)體常常發(fā)生潰爛。受細(xì)菌和害蟲(chóng)的破壞也是造成耳片潰爛流失的原因。在子實(shí)體生長(zhǎng)時(shí)期，要加強(qiáng)管理，及時(shí)采收。除搞好預(yù)防之外，可試用25單位/亳升濃度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森鋅（或退菌特）溶液噴霧，防止“流耳”。如果已經(jīng)出現(xiàn)“流耳”，應(yīng)當(dāng)及時(shí)把木耳采摘下來(lái)，快速干制，以減少損失。流耳用小刀刮除，用毛刷蘸水洗刷流耳部位，清除粘附于耳上的膠質(zhì)物，以利幼耳生出。否則，不易生耳。
　　(四)病蟲(chóng)害的綜合防治
　　防治黑木耳的病蟲(chóng)害，要貫徹“以防為主，綜合防治的植保方針，實(shí)行綜合防治。在栽培生產(chǎn)中，應(yīng)當(dāng)加強(qiáng)實(shí)地觀察，探索、研究和掌握病蟲(chóng)害的發(fā)生、發(fā)展和危害規(guī)律，以便采用相應(yīng)措施，做好防治工作。
　　上面講到的幾種雜菌、害蟲(chóng)及病狀的發(fā)生與危害，具有一個(gè)比較普遍的共性，即大多數(shù)喜歡生活于溫度較高、濕度較大、光照不足、空氣不新鮮的環(huán)境中。采取綜合措施防治病蟲(chóng)害，應(yīng)努力做好以下工作：
　　首先，應(yīng)當(dāng)盡可能選擇良好的栽培場(chǎng)所，嚴(yán)格加以清理，保持衛(wèi)生，減少病源，給黑木耳創(chuàng)適宜的生活環(huán)境。
　　其次，要大力提倡早接，使黑木耳菌絲體優(yōu)先占據(jù)培養(yǎng)基，減少雜菌的入侵機(jī)會(huì)。實(shí)踐證明，凡提早接種栽培的耳袋，出耳率高，生長(zhǎng)發(fā)育快，雜菌少；而晚接種的耳袋，雜菌往往很嚴(yán)重。
　　再次，要加強(qiáng)科學(xué)管理，調(diào)節(jié)好栽培環(huán)境的溫度和濕度，注意通風(fēng)光照程序，加強(qiáng)通風(fēng)管理，保持栽培場(chǎng)所空氣清新。要不斷地割除耳場(chǎng)的茅屋草，清掃害蟲(chóng)躲藏的地點(diǎn)，使害蟲(chóng)和雜菌不易繁殖。若在耳場(chǎng)四周挖一道小溝，灌注清水，對(duì)防止害蟲(chóng)入侵有一定效果。經(jīng)常晾曬耳袋，可以用紫外線殺滅蟲(chóng)卵和雜菌孢子。輕度發(fā)生雜菌耳袋可涂刷1~3%生石灰液，也有防止雜菌入侵的作用。同時(shí)還要注意及時(shí)采收成熟的黑木耳，以防成熟過(guò)度自隔分解，引起病害蔓延。
　　綜上所述，加強(qiáng)人工管理，不斷地革新栽培技術(shù)，是防治害蟲(chóng)、雜菌的一個(gè)有效措施。只有在十分必要時(shí)，才可施用化學(xué)藥劑。施用的藥物要考慮不防礙黑木耳的正常發(fā)育，且施藥后黑木耳無(wú)殘毒。
　　如果栽培場(chǎng)所已經(jīng)發(fā)生了害蟲(chóng)，可試用安全有效地低毒低濃度的藥劑進(jìn)行防治，做到“治早、治小、治了”，把害情控制在最小的范圍之內(nèi)?，F(xiàn)在已經(jīng)被應(yīng)用于防治黑木耳害蟲(chóng)的農(nóng)藥有：敵敵畏、敵百蟲(chóng)、滴滴涕、樂(lè)果、魚(yú)藤精、魚(yú)藤粉、三氯殺螨砜、退菌特、馬拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉、生石灰及茶籽餅等。這些藥物的殺蟲(chóng)效果都很好。在配制和施用時(shí)，要按照該藥的使用說(shuō)明進(jìn)行，不可隨意加大濃度，否則，不僅影響黑木耳生長(zhǎng)發(fā)育，還會(huì)留下殘毒。施藥最好是在采耳之后進(jìn)行，避免黑木耳直接承受藥液，減少藥害。
　　耳袋上的害蟲(chóng)較多時(shí)，應(yīng)設(shè)法驅(qū)防，減少危害。把耳木放進(jìn)清水里浸泡幾個(gè)小時(shí)，能夠浸除耳木上的害蟲(chóng)。